Der Grundstein der Kirche wurde 1850 gelegt, die 17 Jahre später, also im Jahre 1867 eine Orgel der Firma Breidenfeld aus Trier erhielt. Das Datum 1850 ist also schlichtweg falsch. Das Werk hatte die Opuszahl 58 und die Disposition stammte von Heinrich Oberhoffer, dem damaligen Organisten der Kathedrale in Luxemburg. Die Orgel besass Schleifladen und hatte eine mechanische Traktur. Das Gehäuse wurde von einem Klosterbruder mit seinem Gehilfen aufgebaut. 1923 wurde von der Firma Stahlhuth aus Aachen, die im Begriff war, eine Filiale in Lintgen zu gründen, eine neue Orgel im alten Gehäuse gebaut. Nur wenige alte Register wurden wiederverwendet. Das neue Instrument hatte jetzt 3 Manuale und 42 Register. Die Traktur wurde pneumatisch und das Werk erhielt die heute noch bestehenden Kegelladen. In den fünfziger Jahren des letzten Jahrhunderts wurde die Traktur auf elektropneumatisch umgestellt und der neue Spieltisch wurde in der Mitte zwischen den beiden Gehäusen aufgestellt.

In der Folgezeit wurden zahlreiche Änderungen an der Disposition vorgenommen und auch ein zweiter Spieltisch unten im Kirchenschiff aufgestellt. Die bislang letzte Änderung der Disposition wurde bei einer Revision der Orgel 1981 durch Orgelbaumeister Herbert Schmidt aus Mersch durchgeführt. Die Disposition der ersten Orgel mit anderen Details stammen aus der Klosterchronik, über den Umbau von 1923 schweigt die Chronik. Die Geschichte der Orgel ist nachzulesen in einem Artikel der luxemburgischen Wochenzeitung „Sonndesblad“ Nr 47 vom 27.11.1983

Nach der Gründung einer Gesellschaft der Orgelfreunde von St. Alphonse sind Bestrebungen im Gange, das Instrument einer grossen Instandsetzung zu unterziehen.